II. Mustafa, 5 Haziran 1664 tarihinde doğmuştur. Babası IV. Mehmed, annesi ise Emetullah Rabia Gülnuş Sultan'dır. Gazi lakabıyla bilinen II. Mustafa, 101. İslam Halifesi ve 22. Osmanlı Padişahıdır. Annesi Giritli olan padişahın, Divan edebiyatındaki mahlası "İkbali" olarak bilinir. Amcası II. Ahmed'in vefatından sonra, protokole önem vermeyerek devletin büyüklerinden biat alıp 6 Şubat 1695 tarihinde tahta çıkmıştır. Bu olay Osmanlı tarihinde ilk kez yaşanmıştı. Tahta çıktığında 31 yaşında olan II. Mustafa, saltanatının üçüncü gününde bir hatt-ı hümayun yayımlayarak, "Zevk, sefa ve rahatı kendimize haram eylemişiz" demiş ve amcalarının zamanında devlet işlerinin iyi gitmediğini açıklamıştır. Bu olay da Osmanlı tarihinde bir ilkti. Padişah musikiye önem vermiş ve iyi bir tahsilden geçmiştir.

II. Mustafa'nın saltanatı sırasında, Osmanlı Devleti Avusturya ile kara savaşları ve Venedik ile deniz savaşları yapmaktaydı. Rusya ve Lehistan ile ilişkiler ciddi anlamda bozulmuştu. Savaş merkezi olan Edirne'de bu işlerle meşgul olan II. Mustafa, 30 Haziran 1695 tarihinde Edirne'den birinci Avusturya seferine başladı. Avusturyalılarla karşı karşıya gelinen Lugos Muharebesini kazanarak "Gazi" unvanını aldı. İstanbul'a dönerek, 14 Kasım 1695 tarihinde Davutpaşa ordugahına, dört gün sonra ise Topkapı Sarayı'na yerleşti. İkinci Avusturya seferine 8 Nisan 1696 tarihinde Davutpaşa ordugahına gelip, orduyla birlikte 22 Nisan 1696 tarihinde çıktı. 27 Ağustos 1696 tarihinde Avusturya ordusuyla Temesvar'da Ulaş Muharebesine girişerek, kazanan taraf oldu. 26 Ekim 1696 tarihinde orduyla birlikte İstanbul'a geri döndü. Üçüncü Avusturya seferi için, 20 Mayıs 1697 tarihinde Edirne'ye doğru yola çıktı. 11 Eylül 1697 tarihinde Avusturya ordusuyla giriştiği Zenta Muharebesinde bozguna uğratıldı. Tisza Irmağı'nda Veziriazam, dört vezir, eyalet beyleri, yeniçeri ağaları ve yaklaşık 30.000 asker imha edildi. Savunmasız kalan Osmanlı ordusu İstanbul'a geri dönmek zorunda kaldı. Venedikliler bu esnada Dalmaçya ve Mora'ya, Lehistanlılar ise Boğdan'a saldırdı. Rusya'nın başındaki Deli Petro, ordusunu yenileyerek Akdeniz'e inip, Karadeniz'e egemen olma amacını gerçekleştirmeye çalışıyordu. Osmanlı Devleti ise uzun süren savaşlar sonunda yorgun düşmüştü.

Yenilgiyle biten Zenta Muharebesi sonunda II. Mustafa, İngiliz elçisi ve Sadrazam Amcazade Hüseyin Paşa'nın araya girmesiyle barışa ikna oldu. İmzalanan Karlofça Antlaşmasıyla, Temesvar ve Banat dışındaki Macaristan, Erdel Beyliği Avusturya'ya, Podolya ve Ukrayna Lehistan'a, Dalmaçya kıyıları ile Mora Venediklilere verildi. 26 Ocak 1699 tarihinde imzalanan antlaşmayla Osmanlı Devleti topraklarını kaybetmiş ve gerileme döneminin başlangıcına girmiştir. Bundan bir yıl sonra 14 Temmuz 1700 tarihinde, Rusya'yla imzalanan İstanbul Antlaşmasıyla Azak Kalesi de Ruslara verilmiştir.

Tahta çıktığı günlerde söylediklerini yerine getiremeyen padişah, Mart 1700 tarihinde İstanbul'dan ayrılıp, Edirne'de av peşinde koşmaya başladı. Devlet işlerini Şeyhülislam Feyzullah Efendi'ye bırakmıştı. Ordunun içindeki hoşnutsuzluk giderek artmaktaydı. İstanbul'da bulunan askerler isyan ederek Edirne'ye doğru yürümeye başladılar. Edirne'ye geldiklerinde Şeyhülislamı öldürüp, 22 Ağustos 1703 tarihinde II. Mustafa'yı tahttan indirerek, kardeşi III. Ahmed'i tahta çıkardılar. 29 Aralık 1703 tarihinde ölen II. Mustafa'nın cenazesi, İstanbul'da babası IV. Mehmed'in türbesinin bulunduğu Turhan Sultan'a defnedildi.