III. Selim, Osmanlı İmparatorluğu'nda köklü reformlar yapma gereğine inanmış ve bu doğrultuda bir ekip kurmayı hedeflemiştir. Bu amaçla Esseyit İbrahim İsmet Efendi ile görüşmüş ve ıslahat hareketlerinde birlikte çalışmaya yemin etmişlerdir. Yayla İmamı Risalesi'nde belirtilen 72 maddelik ıslahat planında öncelikle askerlik alanına odaklanılmıştır.

III. Selim, askeri alanda üç ana konu üzerinde durmuştur: mevcut askeri ocakların ıslahı, Nizam-ı Cedit adlı yeni bir askeri birlik kurulması ve askeri müesseselerin ıslahı.

Mevcut askeri ocakların tamamen kaldırılması zor olacağından, bu ocakların faydalı hale getirilmesi amaçlanmıştır. Yeniçeri Ocağı için askeri eğitim ve öğretim usulü kabul edilmiştir. Kumbaracı, Lağımcı, Topçu ve Arabacı sınıfları için de kanunların yeniden düzenlenmesi öngörülmüştür.

Kumbaracı sınıfının İstanbul'da bulunması ve sürekli eğitim-öğretim ile uğraşması kararlaştırılmıştır. 1792'deki yeni kanunlarına göre kumbaracı erleri tımarlı olacak, yevmiyeli olup, İstanbul'da bulunacaklar ve yoklamaya tabi tutulacaklardı. Yoklamada olmayanların yevmiyeleri kesilecek ve kumbaracı sıfatı ellerinden alınacaktı. Mevcut olanlar ise imtihana girecekler ve başarılı oldukları takdirde yevmiye hak edeceklerdi. Başarısız olanlar ise tekrar eğitim verilerek, yine başarısız olurlarsa kumbaracı sınıfından çıkarılacaklardı. Ayrıca erlerin evlenmesi yasaktı ve Kâğıthane veya Okmeydanı'nda yapılacak kışlalarda oturacaklardı.

Lağımcı sınıfının görevi yer yararak lağım bağlamak ve sanayi sektöründe çalışmaktı. Kanunnamelerinde bu görevlerin aynen devam etmesi ve sanattan anlamayanların ocaktan çıkarılması belirtilmiştir. Kumbaracı sınıfı kanunnamesi ile aynı doğrultuda olan Lağımcı Kanunnamesi'nde erler için kışlalar yapılması öngörülmüştür. Kışlalardan biri lağım bağlama sanatının gösterileceği 125 kişilik bina, diğeri de köprü ve kale yapma sanat bilgisiyle geometri bilgisinin verileceği ikinci 125 kişilik binadır.

Yeniçeri Ocağı'ndaki disiplinsizlik Topçu Ocağı'na da sirayet etmiş ve talimler yapılmaz olmuştur. Topçu zabitleri mesleki bilgiye sahip değildiler ve savaşta toplar ağır oldukları için çamura batıp yolda kalıyordu. III. Mustafa döneminde atlarla çekilebilen hafif toplar dökülmüşse de I. Abdülhamit döneminde herhangi bir çalışma yapılmamıştır. III. Selim, babasından kalan işi devralmış ve topçuluğa önem vermiştir. Topçu kanunnamesinde subayların rütbe ve maaşlarından, teşkilattan ve erlerin üniformalarından bahsedilmiştir. Ayrıca erlerin talime gelip kışlaya devam etmesi şart koşulmuştur.

Arabacı sınıfı için de bir kanunname hazırlanmış, erlerin kışlaya devam etmesi zorunlu hale getirilmiştir. Bu kanunname, Topçu Ocağı Kanunnamesi ile hemen hemen aynıdır.

Sınıflarla ilgili bu kanunnameler ile ocakların bozulmuş olan düzeni yeniden kurulmaya çalışılmıştır ancak yenilik adına fazla bir hareket yoktur. Ayrıca ordunun asıl büyük kütlesini teşkil eden Yeniçeri Ocağı'nın da ıslahı gerekliydi. Yeniçeri Ocağı şöhretli ve imtiyazlı idi, bu nedenle ıslahı zorla kabul etmeleri mümkün değildi. Yeniçeriler için haftada birkaç gün talim yapmaları şartı getirilmiştir. Topkapı dışında Sadabad'da her yıl kasım ayına kadar talim yapacaklardı. İlk etapta saygı gösterseler de kısa sürede sıkılmışlar, eski tembel günlerini özlemişlerdir. Ayrıca yeni kurulan ve Levent'te talim yapan Nizam-ı Cedit Ocağına karşı devlet adamlarının gösterdiği ilgi ve sevgi de Yeniçerilerin rahatsızlığını artırmıştır. Esamenin alınıp satılmasının yasaklanmasıyla şikayetler artmış ve beş ay sonra Yeniçeriler talim yapmayı bırakmıştır. III. Selim ve yardımcıları, Yeniçerilere rağmen Nizam-ı Cedit Ocağı için sıkı bir şekilde çalışmaya devam etmişlerdir.

Yeniçeri Ocağı'nın eski kanunnamesine dönüp, ocağa Avrupa eğitim ve öğretiminin verilmesi daha kolay olabilirdi. Ancak III. Selim ve yardımcıları yeni bir ocak kurma yoluna gitmişlerdir. Bunun sebebi, Yeniçeri Ocağı'nın umutsuz durumu idi. Yeniçeri Ocağı çok fazla bozulmuştu, hatta Yeniçerilerin çoğu asker bile değildi. Esameler ya para ile satılmış ya da babadan oğula geçmiştir. Ocakta her sınıftan halk vardı.

Avusturya ve Rusya ile sulh imzaladıktan sonra Koca Yusuf Paşa, yurtdışından Levent'teki neferlere eğitim verecek Avrupa talim ve terbiyesinden anlayan birkaç adam getirmiştir. Genç Yeniçerilerin de katılması öngörülmesine rağmen Yeniçeriler itiraz etmişlerdir. Bunun üzerine III. Selim, Nizam-ı Cedit'in ayrı bir ocak olarak kurulmasını emretmiştir. Ancak birbirine düşman iki ocağın zarar vereceği düşünülerek Nizam-ı Cedit Bostancı Ocağı'na bağlanmıştır.

Nizam-ı Cedit'in ilk kanunnamesine göre 12,000 Nizam-ı Cedit askeri olacaktır. Bunların 1,600'ü İstanbul'da, 800-1,600'er asker ise Rumeli ve Anadolu'nun çeşitli yerlerine yerleştirilecektir. Nefer ve subayların yevmiyeleri ile silahları, giysileri Nizam-ı Cedit hazinesinden sağlanacaktır. Neferler bekar kalacak, subaylar evlenebilecektir.

Nizam-ı Cedit askerlerinin Yeniçeriler ve halk tarafından kıskanılmaması için halka yeni askerin gereği ve önemi anlatılmak zorundaydı. Bu amaçla Sekban Başı olarak tanıtılan bir ağa görevlendirilmiştir. Ancak kanunlar hakkında konuşanlara gereken şiddet gösterilmediğinden herkes devleti eleştirmeye başlamıştır. III. Selim'in Nizam-ı Cedit lehinde yaptığı çalışmanın büyük etkisi olamamıştır. Yine de ilk anda kimsenin tepki vermemesinden yararlanarak Levent'te ve Anadolu'nun birçok yerinde asker yetiştirme işine başlanmıştır. III. Selim askerlerin eğitimlerini sürekli takip etmiş, Anadolu'da çalışanları da teşvik etmiştir.

1789'da Napolyon'un Mısır seferi yeni ocak için bir sınav niteliğindeydi. Bu vesile ile padişah, Anadolu ve İstanbul'da yetişen askerler arasındaki büyük farkı da görmüş oldu. Anadolu'da yetişen askerler berbat durumdaydı, İstanbul askerlerinin de pek çok eksikleri vardı. Napolyon'un 25 bin kişilik ordusuna karşı 100-150 bin kişilik Osmanlı Ordusu mağlup olmuştur. Daha sonra Nizam-ı Cedit askerinin Akka zaferi bile gerçekçi padişah III. Selim'in askerin durumu hakkındaki üzüntüsünü azaltmamıştır.

III. Selim, halkın ve devlet adamlarının kendisine destek vermemesine rağmen asker yetiştirme konusunda çalışmalarına devam etmiştir. Levent Çiftliği'nin yanı sıra Edirne, Çorlu, Silivri'de asker yetiştirilmesi ve Üsküdar'da bir orta kurulmasına karar verilmiştir. Mısır Seferi'nden alınan dersler sonucunda yeni silahlar tedarik edilmiştir. Bolu Sancağı Levent Çiftliği'ne, Hüdavendigar Sancağı da Üsküdar kışlasına bağlanmıştır. Mısır Harbi sonrası yeni asker yetiştirme faaliyetleri daha da artmıştır.

Dünya harp tarihinde ağır topçuluk, Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'un Fethi sırasında ilk kez kullanılan toplarla başlamıştır. Yavuz Sultan Selim'in Çaldıran ve Kanuni Sultan Süleyman'ın Mohaç zaferinde de topçuluk önemli bir etkendi. III. Selim'in babası III. Mustafa da Avrupa tarzı toplar döktürmüştü. III. Selim de bu nedenle tophanenin ıslahına önem vermiştir.

İlk iş olarak tophaneyi kanunnameye bağlamıştır. İsviçre, İngiltere ve Fransa'dan top ve yuvarlak dökümcülüğünde ustalar getirilmiştir. Tophane, Fransız tophanesine benzetilmiştir. Fransız toplarının ebatları kabul edilmiştir.

III. Selim, tophanenin yanı sıra baruthaneye de nizam vermeyi ihmal etmemiştir. Baruthanelerin başındaki baruthane nazırları baruthaneyi kendi işlerine geldiği gibi idare etmekteydiler. III. Selim, Selanik, Gelibolu ve İstanbul'daki baruthanelerin eski binalarını tamir ettirmiş ve Küçükçekmece'de yeni bir baruthane açtırmıştır. Bir yandan yeni barutlar yapılırken bir yandan da eskileri ıslah edilmiştir.

Tophane ve baruthane, III. Selim'in gayretlerine rağmen iyi idare edilmedikleri için istenilen seviyeye çıkarılamamışlardır.

III. Selim öncesinde ve III. Selim'in tahta çıktığı vakitlerde donanmanın hali perişandı. Büyük harp gemilerinin kaptanlarının manevra ve taktik hakkında bilgisi yoktu. Kaptanlar limanlarda bekler, rüzgâr müsait olunca açılırlardı. Kılavuzlar ise sadece deneyimlerinden uzmanlaşmış, pusula kullanmayı bilmeyen Rumlardı. Gemilerde hiçbir düzen yoktu, her şey karışıktı. Deniz savaşına ilişkin talim ve top egzersizleri bilinmiyordu. 24 gemiden 16'sı iyi durumda ise de onlara da gereken bakım yapılmıyordu. Tamiratlarda çalışanlar parayı cebe atıp, malzemeyi isteklerine göre kullanıyorlardı. "İntizamsızlık, hırsızlık, ihmal Osmanlı Bahriyesinde öyle dereceyi bulmuştur ki, bir Osmanlı gemisinin çıkıp da en zayıf bir düşmana bile karşı koyamayacağını tahminde mübalağa etmiyorum."

Küçük Hüseyin Paşa'nın Kaptan-ı Deryalığa tayini ile donanma işleri bir kanunnameye bağlanmıştır. Buna göre gemiler küçük ve büyük olarak ikiye ayrılıp, kaptanlar da sınava tabi tutulmuştur. Maaş ve tayinler sağlam esaslara göre belirlenmiştir. Deniz bilgisi edinmek ve talimlere katılmak şart koyulmuştur.

Padişah sık sık tebdili kıyafet dolaşarak tersaneleri teftiş etmiştir. III. Selim sıkı çalışmasının karşılığını birkaç yıl içinde almıştır. En büyüğü Selimiye Kalyonu olmak üzere 2-3 ambarlı, 1,200 mevcutlu, 122 top alabilen 45 gemi yapılmıştır. Bu nizam ile Osmanlı Donanması hatırı sayılır bir kuvvet haline gelmiştir. Ancak bu ordunun emniyeti için ehliyetli, talim ve terbiye almış zabitlerin yetişmesi gerekliydi.

Ordu ve donanmayı askeri usulde düzenlemek için teknik okullara önem verilmeliydi. III. Selim'e kadar yapılmış bazı çalışmalar mevcuttu. Tersane ve hendeshanede Fransız hocalar öğretim yapmakta, dersler de Türk hocalar tarafından verilmektedir. Daha sonra Fransız hocaların yararlandığı kitaplar Türkçe'ye çevrilerek kaynak olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu Türk-Fransız ilişkileri Rusya ve Avusturya'yı rahatsız etmiştir. Yaptıkları girişimler sonucunda Fransa uzmanlarını çekmek zorunda kalmıştır. III. Selim de daha şehzade iken Avrupa yardımı gerektiğini biliyordu. Viyana'ya gönderilen Ebubekir Ratip Efendi'nin döndükten sonra reisü'l-küttaplıktaki görevlerinden biri de Fransa'dan teknik adam ve subay getirilmesidir. Fransa, Osmanlı İmparatorluğu'na mühendis ve zabit göndererek yükseliş ve refah hareketine ne kadar önem verdiğini göstermiştir. Bir ara Napolyon bile Türk hizmetine girmeye talip olmuştur. Fransız hükümetince başka bir