I. Murad'ın vefatı, Anadolu'da karışıklıklara sebep oldu. Karamanlılar'ın desteği ile beylikler, tekrar egemenliklerini güçlendirmeye başladılar.

Beyazıt, ilk başlarda bu duruma yeterli tepkiyi gösteremedi ve yaklaşık bir sene oyalama taktiği kullandı. Çünkü Rumeli'ndeki dengeler çok hassastı. Beyazıt, Rumeli'ni hizaya soktuktan sonra Anadolu'ya yöneldi. Daha önce alınmış olan fakat fırsattan yararlanarak bağımsızlıklarını elde eden beyliklere karşı harekete geçti.

Beyazıt döneminde Anadolu siyaseti, artık belli bir sisteme ve meşruiyete kavuşmuştu. Beyazıt, özellikle Niğbolu Savaşı'ndan sonra aldığı "Sultan-ı İklim-i Rum" unvanıyla Abbasi Halifesi'nden de takdir almıştı. Böylece artık Anadolu Sultanı olan Beyazıt, daha rahat hareket etme fırsatını bulmuştu. Bu, Beyazıt'ın yaptığı Anadolu seferlerinde kullanabileceği bir meşruiyet kaynağıydı.

Dolayısıyla Beyazıt, Anadolu'yu büyük ölçüde Osmanlı himayesine alırken diğer padişahların sahip olamadığı bir ayrıcalık elde etmişti.

I. Murad'ın vefatı üzerine Beyazıt, tahta geçti ve küçük kardeşi Yakup Çelebi'yi öldürttü.

Karaman Beyi, her fırsatta Osmanlı'nın kırılma noktalarından faydalanmak istiyordu. Yine bu değişikliği fırsat bilen Karamanlı Ali Bey, Osmanlı hakimiyetindeki Hamidili topraklarını rahatsız etmeye başlamıştı. Ayrıca Karaman Beyi'nin kışkırtmaları sonucu Aydınoğulları, Menteşeoğulları ve Saruhanoğulları da fesatlık çıkarmaya başlamışlardı. I. Beyazıt, bu durumu ortadan kaldırmak için sefere çıktı.

Sırasıyla Aydınoğulları, Saruhanoğulları ve daha sonra da Menteşeoğulları'nın üzerine gitti. Bunlar teslim olmak zorunda kaldılar. Böylece savaşsız bir şekilde üç beylik itaat altına alındı. Aydın ili Şehzade Ertuğrul'a, Saruhan ili ise Şehzade Emir Süleyman'a sancak olarak verildi.

Bursa'ya tekrar dönen Sultan, Karaman Beyi'nin fitneleri ve Hamidi İli'ne yaptığı saldırılar üzerine Karaman seferine çıktı. Kendisine karşı Kadı Burhanettin'in safına geçen Candaroğulları'nın üzerine yürüdü. Eflak voyvodasının Osmanlı'ya saldırması ve daha sonra kış mevsiminin gelmesi üzerine uzun süren bu sefer, Candaroğulları'nın Kastamonu şubesinin 1392 yılında alınmasıyla başladı.

Daha sonra Konya üzerine yürüyen Beyazıt'ın gelişinden korkan Ali Bey kaçtı. Kaleye sığınan Ali Bey, karşı koyamayacağını anladı ve özür diledi. Çarşamba suyu sınır olarak kabul edildi. Larende ve Taşeli Karamanlılara bırakıldı. Sultan'ın Eflak'la ilgilenmesini fırsat bilen Karaman Beyi, Timurtaş Paşa'nın kontrolünde bulunan yerlere saldırmış ve Timurtaş Paşa'yı esir etmişti. Sultan Beyazıt bunun üzerine sefere çıktı. Her ne kadar Paşa serbest bırakılsa da Konya, Aksaray, Larende ve birçok belde Osmanlı hakimiyeti altına geçti. Ali Bey idam edildi.

Beyazıt, attığı adımlarla artık büyük bir imparatorluğun sinyallerini veriyordu. Çünkü fetihlerle beraber Anadolu'da dağınık bulunan Türk beyliklerini yavaş yavaş itaat altına alıyordu.

Karamanoğullarını Osmanlı idaresine alan Beyazıt, Canik Beyi Cüneyt Bey idaresindeki Samsun'u aldı. Daha sonra Çarşamba ve Terme bölgesindeki beylikleri aldı. Taceddinoğulları ve Taşanoğulları'nı da alan Beyazıt, Trabzon Rum İmparatorluğu ile sınır komşusu oldu.

Sivas merkezli olan Kadı Burhanettin Devleti, Akkoyunlularla yapılan savaşta Kadı Burhanettin'in ölmesi sonucu, devlet adamlarının Osmanlı'dan yardım istemesi sonucu bu devletin toprakları Osmanlı idaresine girdi. Bu seferler sonucu Osmanlı, iki büyük devletle karşı karşıya kaldı: Timur Devleti ve Memluk Sultanlığı. Dulkadiroğulları Beyliği tehdit altına alındı ve Memluk hakimiyetini tanımış olan bu beylik, iki büyük devleti karşı karşıya getirdi.

Sultan Beyazıt, Memluk Sultanı'nın ölmesi üzerine Dulkadiroğlu Beyliği'ne son verdi (1399). Ayrıca Memluk idaresindeki Malatya ve çevresini zaptetti.

Timur, Hindistan'a yapacağı büyük sefer için artık araları açılmış olan Osmanlı ile Memlukluları saf dışı etmek gerektiğini düşünüyordu. Bu amaçla Sivas'ı yağmaladı ve böylece kaçınılmaz hale gelen düşmanlık su üstüne çıktı. Karşılıklı yapılan restleşme şeklindeki mektuplaşmalar, artık iki devleti kaçınılmaz savaşa sürükledi. Ankara Çubuk Ovası'ndaki savaşın başında Osmanlılar üstünken, Kara Tatarların ihaneti ile Osmanlı savaşı kaybetti (28 Temmuz 1402). Bu, Tatarların Anadolu'ya son taarruzlarıydı. Beyazıt esir düştü. Sekiz ay sonra üzüntüden hastalanıp öldü (1403). Bu savaşın en önemli sonucu, kurulma aşamasının sonuna gelinmiş olan Anadolu Türk Birliği'nin tekrar bozulmasıdır. Timur, Anadolu'daki beyliklere bağımsızlıklarını vererek bu birliği dinamitlemiştir. Ayrıca kardeşler arasındaki rekabet, Osmanlı İmparatorluğu'nun kuruluşunu yarım asır geciktirmiştir.